金属生命体ーー神徒が現れて以来、女神と呼ばれる神徒と同じデルタ因子を体内に宿す女性の子供達が産まれることになる。 何年もの間、海中に沈んでいた彼らであったが、突如として活動を始める。 そして、彼らによって大陸が滅ぼされる自体が発生したために、女神を神徒のコアとして使うことによって、装甲騎士と呼ばれる対神兵器の開発に成功する。 幼い頃に、装甲騎士によって神徒から助けられた主人公ーー久坂部草太郎は、メカニックとしてアークスに入所する。 だが、彼は現実を知ることとなる。