小学校を卒業したばかりの九段鉄太はこの春から家庭の事情でじいちゃンと二人暮らしをする羽目になる。 秘伝の古武術・無三流の第二十一代目宗家候補としてじいちゃンから課せられた厳しい修行に日々耐える毎日。 鉄太はクラス委員長になって修行をする時間を減らそうとするが、彼の通う中学校では魔女騒動が起き始めていた。