伝説の『魔法騎士（マジックナイト）レイアース』ふたたび!!苦難を乗り越え、『魔法騎士』となり『セフィーロ』の危機を救った光（ひかる）・海（うみ）・風（ふう）。『セフィーロ』の『柱』であるエメロード姫の願いをかなえ、東京に戻った３人の心に、事実が重くのしかかる。３人は最初に出会った東京タワーで再会し、もう一度『セフィーロ』に行くと決意を固める。そして、崩壊寸前の『セフィーロ』に新たな危機が迫っていた。