日本、東京。 今ここでは、「フェアリー」と呼ばれる怪物が次々と人の命を奪っていた。 しかし、その事実を知る者は実に少ない。 国家直属の対抗組織「サイレンス」が、秘密裏に『処理』しているからだ。 無用な混乱を避けるため公的にはフェアリーの存在は隠されていた。 そしてある時、サイレンスの隊員、日々紀隆生は、大規模掃討作戦の任務へと向かう。