高校生の美山圭一の元に一大ニュース、と言わんばかりの勢いで声をかけてきた友人、吉村新。彼は、同じクラスの「深層の令嬢」と呼ばれる羽鳥蘭の様子がおかしいと騒ぎ立てる。どうしてもこの謎を解きたいという新に押されて、調査を始める圭一だったが——。