――幻想郷では妖精、妖怪などが小さな諍いを起こし、博麗（はくれい）の巫女である博麗霊夢（はくれいれいむ）が解決する。そんな日々が続いていた所に１つの異変が起きた。ある青年と少女の２人による未曾有的な異変を起こし、幻想郷へ混乱を巻き込むのだった。