【氷の世界樹】が地球を覆ってから数百年。 絶滅を避けた人類は、暖域と呼ばれる場所に都市を築いて生き長らえていた。 しかし、世界樹の侵攻により地球の寿命はあと百年となっていた……。 かつて親に捨てられた悲運の少年ユウトの前に、不老不死の美少女シンクが現われる。 唯一無二の科学兵器を手に、少年は世界樹を壊すという宿命を背負うことになっていく。