２０１４年、三月。中学を卒業し、高校を進学する予定だった坂本佐織(さかもとさおり)は、唯一の肉親だった父、坂本治一(さかもとはるいち)を亡くし、遠方の瀬原集落(せばるしゅうらく)に住む母方の伯父、瀬原令一(せばるれいいち)に引き取られる事になる。 しかし、佐織を待っていたのは、『水配り』という婚礼の儀式だった。 其処で、二組の男女で競い合い、一年以内に子を成した方には、令一の遺産を全て譲られるという。 そして、瀬原集落は、『苗の神教』という宗教を信仰する人間で構成された隠れ里だった。 令一の目的は、何なのだろうか。 そして、『苗の神様』とは、何なのだろうか。