九十九神に反物質的な作用が発見された。 それを用いて科学的に発展した世紀末の日本では、まだなお律令制が続いていた…… 関東平野に遷都された帝都にて、人の姿をした九十九神が夜を騒がせる。 都の夜を護る夜警の二人は、闇をかけ、魔を祓う。 その最中不法侵入の少女を匿ってしまうが……