外部からの水を必要とせず、精巧なガラスの中に作られた植物の世界、ウォーディアン・ケース。
屋敷の箱庭の中で育ち、外の世界を知らない少女ソフィア。
ソフィアの知らない外の世界で育ち、ソフィアと邂逅する師、クリストファー。
箱庭という名のウォーディアン・ケースを砕いて交わる二人の運命とは−−−−