寒い冬のイギリスを脱出、ドリトル先生は動物たちと再びアフリカに出かけてファンティポ王国の郵政大臣になります。ツバメたちを使った小鳥郵便局は、世界でいちばん早い郵便として大成功。そして動物の通信教育も始まりますが、ある日、太古のカメから手紙が届くと、先生はさっそくカメに会いに秘密の湖に出かけてゆきます。