地球生まれ、地球育ちの「かやの水樹」は、宇宙航路・空間保全隊---通称清掃部隊---106に、新しく配属された。虫が大の苦手だというのに、この配属先には、巨大な昆虫とも見える姿の異星人、クヌート人がおり、あまつさえ、ペアを組まされてしまう。そんな中、海賊に襲われた船からSOSが入り---