突如として発生したウイルス。政府はこの病原菌を「瞳」ウイルスとした。
その感染力により、1都市部を全て封鎖。患者を封じ込める事で、何とか危機を免れた。
しかし、それにより政府はこの「瞳」の研究に乗り出した。
定期的に被験者を内部へ送り込み、研究する。嘘のような事が機密に行われていた…
しかし、政府はまだ知らなかった。「瞳」の適合者〜コンフォーマー〜が生まれていることに。
そして、適合者が「瞳狩り」を行っていることに…