1945年8月6日、広島への原爆投下に向かっていたB29爆撃機「エノラ・ゲイ」は、山口県上空で21世紀に開発された携帯型地対空ミサイルによって撃墜された。 2162年、時間航行技術を管理する国際機関「時間航行条約機構管理局（TiNaTOA）」は、歴史改変組織「OUR RELOADED EDEN（ORE)」の犯行によって歴史が改変された事を察知し、捜査と歴史の復旧に乗り出した。 「機構」のエージェント路辺紫苑は、現地調査とORE摘発の為、時空間を跳躍し1945年8月の日本へと赴く。