中学生時代に好きだった桐谷礼（きりたに れい）からの暗号を解読するため、主人公・上松和斗（うえまつ かずと）は七年ぶりに母校を訪れる。 当時の和斗は友達作りに失敗し、ひねくれた気持ちで毎日を過ごしていた。 和斗の居場所は本の中しかない。だから図書室で本を読むことが日課だった。 そんなある日、和斗はある本をきっかけに桐谷と関わることとなる――