第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」達の活躍のおかげで、欧州ガリア共和国は解放されたが世界からネウロイの脅威はまだ去ってはいなかった。今度の戦いの舞台はオラーシャ帝国ペテルブルグ基地。第502統合戦闘航空団「ブレイブウィッチーズ」の魔法少女（ウィッチ）が東欧の寒空を駆け巡る！