海面上昇により水底に没し、科学技術を失った数千年後の東京。 その浜辺に暮らす少年チリ。 そして森に暮らす少女シオリカ。 久しく疎遠になっていた幼なじみの二人はある凶事をきっかけに再び出会うことになる。 猛魚ドラグイに復讐心を募らせるチリと禁忌を犯してまでも古代科学の復活に執着するシオリカ。 その思惑を交錯させながら、はたして彼らは自らの信じる道を貫くことができるのだろうか。