千年魔女（ミレニアム）を冠する偉大なる魔女マチルダに育てられた一般人の少女マベル。魔法が使えないマベルだったが、努力の末一人前の魔女として独立を果たすと、師匠だった魔女マチルダが魔女裁判に！ 一人残されたマベルは師匠の復讐を誓……ったりする事もなく、平穏な日常を過ごしていた。そんなマベルの元に独立審問官を名乗る少女が現れる──。