ウェストゼネティックス。そこは人間に脅威をもたらすノヴァに対抗できる力を持つパンドラと呼ばれる少女たちを養成する軍事教育機関の一つ。新入生のティシーは春に行われたカーニバルで０点を取ってしまい、いじめられていた。そんなある日、遅れてやってきた新入生シフォン＝フェアチャイルドが現れたことで、彼女のそれまでの日々が変わっていく。