荒廃した世界にそびえ立つ超高層建築、《都市》に住む少年トオルは、母親と共に罪を問われ、地下世界《基礎》へ追放される。 暗いエレベーターで目を覚ました時には母の姿はすでになく、残されていたのはひとつの懐中電灯だけだった。 死の罠に満ちた地下迷宮には、「リーパー」と呼ばれる殺人機械がさまよう。果たしてトオルは、《基礎》から抜け出すことができるのか。