身長一五七センチ。同年代女子の平均より一センチも背が低いことは、深作零士にとって切実な問題だった。そんな彼にもう一つ切実な問題が起こる。同じ高校に通う美少女、未但馬裕佳梨が、人を殺す場面を目撃してしまったのだ。人間社会に徒なすとある存在を密かに抹殺する「暗殺部」。彼女はその部員だった。そして零士は、そんな彼女に恋をしてしまった……。暗殺部に入部し、銃をもって殺し合う世界に足を踏み入れた零士の、恋と闘争、思春期の物語！