天下の座を争い歴史の裏側で行われた甲賀vs伊賀の忍法殺戮合戦は双方全滅という血に塗れた結末で幕を閉じた。十年の時が過ぎ、寛永三年、再び甲賀伊賀の精鋭が結集する。甲賀五宝連を束ねる矛眼術を操る少年、甲賀八郎。伊賀五花撰を率いる盾眼術使いの少女、伊賀響。運命の双子である二人は、成尋衆と名乗る、人外の力を操る正体不明の集団との戦いに巻き込まれていく──。