닌자 대탈주 사건 이후 17년, 세상에는 탈주닌자들이 정체를 숨기고 살아가고 있다. 그런 그들을 처리하는 임무를 맡은 추격닌 14번은 다음 타겟이 한국에 있다는 소식을 듣게 되고, 고등학생으로 변장해 학교에 잠입하게 된다.