燈暦2045年。海岸線が大きく水没した世界。青年「藤倉縁」は行方不明の祖父を探していたところ、海の怪物「水禍」に襲われ、命の危機に直面する。そんな彼を助けたのは、灯台に宿る光の化身「燈の守り人」だった―。水禍と戦う組織「巡礼局」に加入した縁は、上官の中澤閃、そして道家照子と共に、灯台を巡る旅に出る。全ては世界の未来を救うために……。