人類が大地から離れ、魔甲蟲という畏怖と戦う世界。「特務小隊の裏切り者」と蔑まれる学園の嫌われ者・カナタは、連戦連敗のＥ６０１小隊の教官に任命される。そこには一癖も二癖もありそうな３名の少女がいて……？