人と妖怪が共存する日本。人間側が勝手に改暦をしたことで、反対派の妖怪たちが人間たちに対して様々な事件を起こすようになった。妖怪が関わる不可思議な事件を解決するため、人と妖怪との政府組織「妖人省」が設立された。「妖人省」に召集されたのは、人と妖怪の血をひく「半妖」のざくろ・薄蛍・鬼灯・雪洞と、陸軍少尉の総角・利劔・丸竜の７人。半妖の少女たちと陸軍少尉がコンビを組んで妖怪退治の任務につく!!