츠쿠미하라 학원에 다니는 키시나미 하쿠노의 일상은 붕괴했다. 전뇌공간에서 펼쳐지는 마술사(위저드)와 영령(서번트)의 투쟁──「성배전쟁」. 죽음을 눈앞에 둔 하쿠노의 앞에 나타난 것은 붉은 옷을 입은 소녀 검사였다.