「異端狩り」が熾烈を極めた時代、秘密結社「薔薇十字団」が行う錬金術は、神への冒涜行為とされ弾圧対象にあった。己の記憶を作り変え、別人としての人生を歩んでいた錬金術師レオン。賢者の石、ホムンクルス、そして過去。彼の秘密が今、明かされる…！