【『沈黙の艦隊』5～8巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】突如反乱逃亡した、日本初の原子力潜水艦「シーバット」。艦長・海江田四郎は、全世界に向け独立国「やまと」を宣言、同盟締結のため日本へ向かった。一方、日本政府は「シーバット」追撃のため沖縄沖に集結した米・ソ両超大国の太平洋艦隊から「シーバット」を擁護するため、海上自衛隊第2護衛艦隊の出動を決定――。