海賊船を操り襲撃と略奪を繰り広げる男・ハーロック。青年工作員ヤマは密命を受け、ハーロックのもとに潜入する。しかしそこで目にした驚愕の事実とは？大宇宙を舞台に繰り広げられる壮大なスペースオペラ！