西暦2312年。ソレスタルビーイングと国連軍の決戦から4年が経ち、戦いを生き延びた刹那・F・セイエイは、統一された世界の行く末を見つめていた。だが彼が目にしたのは、地球連邦政府が組織した独立治安維持部隊《アロウズ》によって行われる、非人道的弾圧であった。偽りの平和、ゆがみ続ける現実を前に、刹那は世界を変革しうる力──ダブルオーガンダムを駆り、再び戦場へと帰還する!