街に暴行や放火の事件が勃発する。犯人の正体は不明。しかし、犯人の目は緑色に光り、かぎつけた特殊部隊は街にやってくる。そんな事件の現場でゼブラーマンの目撃情報が・・・。ゼブラーマンに地球は救えるのか？