大人気ゲームの「ソフィーのアトリエ 〜不思議な本の錬金術士〜」がゲームの美麗さそのままにタテコミで登場！ある日訪れた、見習い錬金術士「ソフィー」と、意思を持つ本「プラフタ」の出会い。プラフタの失われた記憶を取り戻したいという願いを叶えるため、 ソフィーは錬金術を学ぶ旅に出る。