「人間とモンスターが共存する世界。平凡な学生だった隼人の身に起こる特別な日々」ある日、隼人の前にエージェントコマンダーの“なつみ”という女性が現れる。彼女のアドバイスを受け、隼人は幼い頃から夢見たモンスターコマンダーの道に挑戦することに！果たして、隼人は最強のモンスターコマンダーになれるのか？