超能力者でも無能力者でも誰もが対等に対戦できると、学園都市で爆発的な人気の次世代競技「電脳戦機バーチャロン」。上条当麻もインデックスにうながされ、この競技を始める。しかし、当麻がまだ操作もままならない状態での対戦に乱入してきたのは……巷で噂される【亡命】バーチャロイド・ブルーストーカーだった――!?