中学生・和泉爾史は、妖を取り除く非公開組織「日本聖奇士団」の一員として、日夜、妖から人々を守る生活を送っている。彼の傍には主の生気を糧にし、主が死ぬと自らも命を失うという契約で結ばれた使い魔・菊童丸。しかし、最強と謳われる菊童丸を従える爾史にもある悩みがあって…。