西暦2199年。地球は外宇宙からの侵略者・ガミラスの遊星爆弾によって滅亡の危機に瀕していた！　もはや滅亡を待つだけかと思われた地球人類のもとに、惑星イスカンダルより通信カプセルが届く。カプセルには「放射能除去装置・コスモクリーナーをイスカンダルまでとりにきなさい」というメッセージと、ガミラスの戦艦に対抗できる波動エンジンの設計図が入っていた。設計図をもとに宇宙戦艦ヤマトを完成させた人類は、イスカンダルに向け、今、ヤマトを発進させる！