時は西暦2030年。超高度ネットワーク社会で凶悪化するサイバーテロや電脳犯罪に対抗すべく、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安9課（通称：攻殻機動隊）を組織した。そんなある日、公安9課に所属するトグサに刑事時代の同僚から一本の電話が入る。これは6年前発生した企業テロ事件「笑い男」事件につながるものだった……。『攻殻機動隊S.A.C.』の代名詞ともいえる「笑い男事件」シリーズが、ついに幕を開ける!!