数々の難事件を解決した天才高校生・金田一一（きんだいちはじめ）は、３７歳のオッサンになっていた。PR会社で働く金田一は、上司の命令で離島リゾートのイベントを担当することに。なんとその島は、３度も殺人事件が起きた”オペラ座館”のあった歌島だった！「もう謎は解きたくない」と思っている金田一は、何も起きないことを祈りつつ上陸。しかし、そんな彼を嘲笑うかのように歌島にファントムの笑い声が響くのだったーー。