세계를 구하는 것은 언제나 히어로이다. 별안간 현대사회에 나타난 포털을 통해 이세계 문명이 인류에 침공을 개시한다. 드래곤이 날아다니고 대마법사가 습격하는 세계로 변모한 지구. 중학생 이치노세 유우는 국가 프로젝트의 소년 종사자로서 국방군 관할의 나노테크놀로지 연구소에 동원된다.