300년 전 발생한 제3차 세계 대전은 생화학전으로 번지게 되고, 이때 등장한 변종 R-바이러스는 인간을 잡아먹는 초능력 괴물 레이어를 탄생시킨다. 이들에 대항하기 위해 레이어의 하위호환 능력을 보유하게 된 10명의 전사 R-X! 이들의 손에 인류의 생존 멸망이 달려있다! R-X에게 명령한다! 레이어로부터 인류를 구하라!