서기 2203년. 지구 북반구의 계절로 겨울. 인간보다 뛰어난 지능과 능력을 가진 외계생명체 '엘자르'에 대항하기 위해 계획된 키메라 프로젝트. 그곳에서 만들어진 존재 카인. 쓰레기처럼 소각되어질 운명에 처한 그는 연구소에서 탈출을 감행한다. 친구들의 목숨을 밟고 일어선 강화인간 카인. 치열한 우주전쟁 한복판에서 인간형 병기 메탈기어를 타고 세상에 그의 존재를 각인시킨다.