西暦2045年、第37次長距離移民船団―マクロス7―は謎のバロータ軍との交戦を繰り返しながらも、その舵を銀河の中心へ向けていた。そして、西暦2046年、女将校マハラは暴漢に殺されかけていたところを、エアブレードを履いた少年、シバ・御堂に救われる。シバに興味をもったマハラは、彼の所属するチームのコーチに着任。ここからシバと彼を取り巻く人々の運命が動き始める……。