ヤマトタケルを守護神に持つ一族と、２０００年に一度蘇る闇の化け物の一族との戦いに巻き込まれてゆく少女の物語！さやかと涼太郎は幼なじみ。ある日二人の学校の近くで、首なし死体が発見される。まるで獣に喰いちぎられたかのような傷口で、死体からは多量の放射能が検出された。その事件から間を置かず、今度は涼太郎の家から火の手が上がり、母が命を落としてしまう。その時さやかは炎の中に、数匹の巨大なヘビのような不気味な影を見ていて…！？