英雄になることを夢見る少年アルト・エステニア。 竜騎士を育成する学院に入学するが、貴族に目をつけられていじめられてしまう。 周囲にも教師にも見て見ぬ振りをされ、肉体的にも精神的にも疲弊してしまうアルト。 しかしある日、とある少女と出会い、一目惚れされてしまう。 その少女・ユスティーナは、アルトを追いかけて学院に入学すると、全校生徒の前で宣言する。 「これからは、ボクがアルトの騎竜になってあげるからね！」 ユスティーナの正体は、神竜バハムートが変身した姿だった。 神竜の少女と心優しき竜騎士の少年の甘い学園生活が始まる！