時は1637年の島原。隠れキリシタンの村に住む少女・サチ。そこに漂着した、海賊めいた南蛮人・ディエゴ。そして、時同じくして立ち上がる天草四郎。抗えぬ歴史の渦が、3人を飲み込んでいく――