海に沈む伝説の神剣「クサナギの剣」を手に入れた、少年・神路木ヤマト。クサナギの剣には、日本神話の英雄ヤマトタケルの魂が宿っていた。以降ヤマトは、神の化身「バケガミ」として、襲いくる怪物やバケガミたちと激闘を繰り広げる！